Durant la rébellion de la rivière Rouge de 1869-1870, les Métis ont formé un gouvernement provisoire pour négocier l’entrée du Manitoba dans la Confédération. La rébellion commence à la suite de l’une des plus grandes ventes foncières de l’histoire : en 1869, la Compagnie de la Baie d’Hudson vend la Terre de Rupert au Dominion du Canada pour 1,5 million $ (tout en en conservant un vingtième des terres fertiles, représentant près de 7 millions d’acres), sans en consulter les occupants autochtones. Cette initiative prit de court les Métis qui peuplaient ce qui constitue le Manitoba d’aujourd’hui; en effet, ils ne reconnaissaient pas à la Compagnie de la Baie d’Hudson le droit de céder leur terre natale sans les consulter ou obtenir leur consentement.

Le 11 octobre 1869, le Métis Édouard Marion surprend des arpenteurs du gouvernement sur sa terre et demande l’assistance de ses voisins et de Louis Riel pour l’arrêter. Les Métis protestent donc contre ces travaux d’arpentage auxquels ils n’avaient pas consenti. Furieux, les Métis de la rivière Rouge mettent sur pied le Comité national des Métis et appellent à la fondation d’une république métisse indépendante le 16 octobre 1869. Ils élisent John Bruce à titre de président et Louis Riel à titre de secrétaire. Le 2 novembre 1869, 500 Métis prennent Upper Fort Garry, où se réunissait le conseil d’Assiniboine (le gouvernement d’avant 1869) et où se trouvaient les principaux bureaux administratifs régionaux de la Compagnie de la Baie d’Hudson. Les Métis y acquièrent vivres, armement et une position à partir de laquelle ils peuvent défendre leur cause.

Le 8 décembre 1869, les Métis fondent un gouvernement provisoire dont Louis Riel, un Métis scolarisé à Montréal, finit par prendre la tête. Formé de Métis français et anglais, ce gouvernement négocie avec le Dominion du Canada pour faire entrer formellement la Terre de Rupert dans la Confédération.

Du 25 janvier au 10 février 1870, la Grande Convention réunit des délégués devant définir l’avenir politique de la région : 20 Métis anglais et 20 Métis français. Ils y élaborent la deuxième version de la « liste des droits » qui forment le socle de la Loi sur le Manitoba de 1870.

Le 4 mars 1870, l’orangiste Thomas Scott, un agitateur anti-Métis, est exécuté par un tribunal métis. Le Canada envoie alors à la rivière Rouge des troupes qui se livreront à de sérieuses représailles. Louis Riel lui-même en subira les contrecoups : il sera exécuté par l’État canadien à son tour en 1885.

La Loi sur le Manitoba entre en vigueur le 12 mai 1870. Pour les Métis, les principales dispositions de cette loi sont la création d’écoles confessionnelles bilingues; l’instauration d’un régime judiciaire et parlementaire; et les mesures visant à régler leur « titre indien » à la terre grâce à l’octroi de 1,4 million d’acres aux « enfants des chefs de famille métis » (article 31).

Conformément à la tradition de la common law britannique, la Loi sur le Manitoba garantit le droit à la propriété privée individuelle et non les droits collectifs (bien que les droits des Métis francophones en matière d’éducation et en matière linguistique eussent été protégés jusqu’à ce que la province les abolisse dans les années 1890).

Le 15 juillet 1870, le Manitoba devient la cinquième province du Canada, mais l’État ne reconnaît pas le statut de fondateurs aux Métis et à Louis Riel. Cela dit, après l’entrée de la province dans la Confédération, la situation change radicalement : les Métis perdent rapidement l’avantage du nombre au profit des nouveaux arrivants ontariens et canadiens-français, souvent hostiles à leur désir de faire valoir leurs droits durement acquis. Les Métis sont notamment persécutés pour le rôle qu’ils ont joué dans la rébellion de la rivière Rouge et pour l’exécution de Thomas Scott.

En août 1870, Ottawa envoie le corps expéditionnaire de la rivière Rouge, commandé par Garnet Wolseley, « pacifier » la région. Ce seront plus d’un millier de soldats qui, en arrivant au Manitoba, soumettront les citoyens métis à un règne de terreur. Les femmes seront violées et certains hommes, comme Elzéar Goulet, assassinés. En conséquence de cet intolérable climat de violence et de peur, plus de la moitié des Métis de la nouvelle province migreront vers les Territoires du Nord-Ouest et le territoire dakota.